Le MIH traite les thèmes du temps et sa mesure au travers d’objets d’art produits par l’Homme. La notion de temps naît des souvenirs, anciens ou récents, et de leur classification. La montre, en répétant des pas identiques et réguliers sert à la mesure de la durée et à la détermination d’instants. La collection permanente du MIH compte parmi les collections les plus significatives au monde. Grâce à sa riche collection, à son travail de promotion et de mise en valeur de patrimoine horloger, ainsi qu’à son emplacement dans la région horlogère, le musée suscite un intérêt constant des touristes suisses et étrangers.

Dans l'exposition permanente, les objets sont intégrés dans des groupes chronologiques et thématiques. Des informations sont apportées par des textes et des modèles didactiques. Ainsi, le visiteur a non seulement accès à des objets hors du commun, mais il a l’occasion d’apprendre leur histoire, leur fonction et leur création, ainsi que les liens qu’ils tissent avec la société. Les expositions temporaires permettent l’approfondissement de connaissances. Chaque exposition contient un noyau qui fait évoluer l’exposition permanente de façon régulière.

En tant que musée de référence dans le domaine de l'horlogerie, le MIH est en constantes relations avec d'autres musées nationaux et internationaux. Ainsi il est régulièrement présent par le biais de prêts de pièces dans différents musées.