Bei der Eröffnung der Uhrmacherschule in La Chaux-de-Fonds im Jahr 1865 beinhaltete der Lehrauftrag auch, Uhren mit der Verfolgung eines didaktischen Ziels zu sammeln. Der Umfang und Reichtum der gesammelten Objekte brachte eine kleine Uhrenliebhabergruppe unter dem Antrieb von Maurice Picard, Uhrenhersteller und Israeli französischer Abstammung, dazu, die Eröffnung eines Museums vorzuschlagen.

1901 gründete der Gemeinderat, den die Abhandlung von Maurice Picard für die Einrichtung eines Museums zur Geschichte der Uhrmacherei zu überzeugen vermochte, eine entsprechende Kommission und stellte dem zukünftigen Museum provisorische Ausstellungsräume an der Rue du Collège 9 zur Verfügung.

Am 24. März 1902 unterzeichneten die Behörden der Stadt La Chaux-de-Fonds die Gründungsurkunde des Uhrenmuseums. Ein Raum in der Uhrmacherschule diente der Ausstellung der Museumsobjekte. Das Jahr 1902 war auch von der Aufnahme in die Sammlung des grossen Marinechronometers Nr. 12 von Ferdinand Berthoud geprägt. Dieses ausserordentliche Exemplar aus dem Jahr 1774 zeugt davon, dass die Mitglieder der Kommission der Auswahl der Objekte bereits zu dieser Zeit höchste Bedeutung beimassen.

Es folgte Schenkung um Schenkung, sodass das Museum seine Ausstellung bereits 1908 neu gestalten musste. Der Erfolg liess nicht auf sich warten, die Anerkennung auch nicht.

 Aber der Krieg setzte dem Zuwachs der Sammlung einen Riegel. Erst 1920 kamen die Aktivitäten des Museums wieder richtig in Gang. Es folgten zahlreiche Schenkungen und Ankäufe. Zum 25-jährigen Jubiläum nahm dank der finanziellen Unterstützung der Gottfried-Keller-Stiftung eine ausserordentliche Pendeluhr mit Musikwerk von Pierre Jaquet-Droz Einzug ins Museum, die sich durch ein Glockenspiel mit 9 Glocken und 12 Flöten und reich verzierten Szenen aus der Fabel vom Fuchs und vom Storch von La Fontaine auszeichnet.

1931 brach die Krise aus. Ankäufe, Schenkungen und Besucherzahl gingen stark zurück und das Museum selbst geriet in eine besorgniserregende Situation: Aufgrund eingeschränkter Platzverhältnisse war die bedeutende und wertvolle Sammlung auf sehr engem Raum ausgestellt. Die Kriegsjahre bremsten die Entwicklung des Museums zusätzlich und die Sammlungen wurden in Kisten verpackt, um sie zu schützen. Dieser Zustand dauerte fünf weitere Jahre an, bis sich dank der grossen Unterstützung durch zwei bedeutende Institutionen, des Syndicat patronal des producteurs de la montre (Arbeitgeberverband der Uhrenhersteller) und des Amts für Edelmetallkontrolle, neue Perspektiven eröffneten.

Die Räume wurden saniert und 1952 kam ein weiterer Raum hinzu. Die Neueröffnung des Museums im Frühjahr 1953 leitete eine neue goldene Ära ein: Prachtvolle Emailuhren wurden erworben, unter anderem aus dem Verkauf der Sammlung des Königs Faruk von 1954, wie die schöne „Montre à tact“ (Taktuhr) von Abraham-Louis Breguet aus der Zeit um 1800. Beide Seiten der Uhr sind mit Email verziert, jedoch keine zeigt die Uhrzeit an. Die Besonderheit dieser von Breguet in den letzten Jahren des 18. Jahrhunderts erfundenen Art von Uhren erlaubt das Abtasten der Uhrzeit. Der mit Amor und seinem Bogen verzierte Boden dreht sich. Die Pfeilspitze stösst gegen kleine Vorsprünge, was das Bestimmen der Uhrzeit durch ein diskretes Abtasten ermöglicht. Das Gästebuch des Museums zeugt von prominenten Besuchern, unter anderem Max Petitpierre, Bundespräsident im Jahr 1955.

In den 1960er Jahren wurde der verfügbare Raum erneut knapp. Eingehende Überlegungen führten zur Feststellung, dass ein neues Gebäude benötigt wurde, welches das Museum beherbergen konnte. 1963 wurde Prof. Georges-Henri Rivière aus Paris, damaliger Direktor des Internationalen Museumsrates (ICOM), vom Gemeinderat mit einer Studie zu den Sammlungen des historischen Museums, Kunstmuseums und Uhrenmuseums der Stadt beauftragt. Aus dem Bericht geht die grosse Bedeutung der Sammlung des Uhrenmuseums und die Notwendigkeit, neue Räume für deren Ausstellung zu finden, hervor: „La Chaux-de-Fonds ist die Welthauptstadt der Uhrmacherei, deshalb muss auch ihr Uhrenmuseum das schönste der Welt sein ...“ Pierre Imhof, Präsident der Kommission des Uhrenmuseums, konnte in der Folge die notwendigen Schritte einleiten, um dem Museum eine seinen Sammlungen und der Stadt gebührende Zukunft zu sichern. Mit der Gründung der Fondation Maurice Favre stellt das Jahr 1967 einen wichtigen Meilenstein dar. Der Zweck der Stiftung: einen bedeutenden Teil der für den Bau eines neuen Gebäudes benötigten Mittel zu beschaffen.

1968 nahm das Museum den Namen Musée international d'horlogerie an. Unter dem Titel „L'homme et le temps“ wurde ein Architekturwettbewerb für den Bau eines Museums im Park des historischen Museums veranstaltet, um mit diesem und dem benachbarten Kunstmuseum Synergien zu schaffen. Aus den über dreissig eingereichten Projekten ging schliesslich das Projekt der Architekten Pierre Zoelly und Georges-Jacques Haefeli als Sieger hervor.

1972 wurden die Bauarbeiten aufgenommen. 1974 konnte ein der weltweit einzigartigen Sammlung würdiges Schaufenster in der Form eines vorwiegend unterirdisch angelegten Gebäudes avantgardistischer Architektur eingeweiht werden. Damit bot sich auch die Gelegenheit, die von Hans Erni für die Weltausstellung in Brüssel 1958 realisierten und von der Schweizerischen Uhrenkammer im Eröffnungsjahr als Geschenk erhaltenen Fresken in dem grossen, für Ausstellungen, Tagungen und andere Anlässe vorgesehenen Raum auszustellen.

Die neue museografische Konzeption geht auf Serge Tcherdyne, Pierre Bataillard und Mario Gallopini zurück. Aber das Musée international d'horlogerie führte auch ein neues wissenschaftliches Konzept ein, das drei verschiedene Kompetenzzentren unter einem Dach vereint: Museum, Restaurationszentrum für antike Uhren und interdisziplinäres Forschungszentrum rund um das Thema Zeitmessung, dessen Bibliothek und Zeitschriftenbestände zahlreiche Originalwerke, Verkaufskataloge, Werbungen, ikonografische und sonstige Dokumente umfasst. Zusammen bilden sie ein Zentrum von weltweiter Bedeutung für die Forschung.

1980 wurde die Aussenarchitektur mit der Installation des monumentalen Glockenspiels abgeschlossen: Die kinetische Uhr ist zugleich ein Musikinstrument und spielt zu jeder Viertelstunde eine der jeweiligen Jahreszeit angepasste Melodie. Im selben Jahr wurde auch die Vereinigung der Freunde des Musée international d'horlogerie „amisMIH“ gegründet. Durch den Erwerb von zahlreichen ausserordentlichen Gegenständen leisten sie einen grossen Beitrag zur Erweiterung und Bereicherung der Sammlung.

1989 wurde das Institut der Mensch und die Zeit (L'Homme et le Temps) ins Leben gerufen mit dem Ziel, engere Beziehungen zur wissenschaftlichen Welt der höheren Bildung aufzubauen. Regelmässig werden Tagungen mit verschiedensten Themen und thematische Sonderausstellungen organisiert. Der gleichnamige Verlag publiziert regelmässig Ausstellungskataloge sowie thematische und wissenschaftliche Abhandlungen.

Die vom Musée international d'horlogerie erstmals im Jahr 1993 verliehene Auszeichnung Gaïa steht im Einklang mit den Tätigkeiten des Museums zur Bewahrung der Uhrmacherei, dessen Geschichte und Technik. Der Preis würdigt Persönlichkeiten für ihre Verdienste in der Uhrmacherei und der Zeitmessung in den Bereichen Kreation, Industrie und Geschichte.

Von „Le Pays de Neuchâtel et son patrimoine Horloger“, 2008